Ingénieur civil des mines, option géologie (1970), docteur-ingénieur en sciences de l’eau (EMP-Université Paris VI, 1980), Emmanuel Ledoux effectue toute sa carrière dans l’enseignement supérieur et la recherche à l’Ecole des Mines de Paris, tout en menant en parallèle une intense activité d’expertise.
De 1987 à 2005, Emmanuel Ledoux est directeur du Centre d’informatique géologique de l’École. Depuis 1992, il y est directeur de recherches et depuis 2006, conseiller scientifique du Centre de géosciences. Il est également responsable de la formation doctorale « Hydrologie et hydrogéologie quantitatives » et directeur adjoint de l’École Doctorale Géosciences et ressources naturelles (ED398).
Ses recherches se concentrent principalement sur l’élaboration de modèles mathématiques en hydrogéologie (écoulements, transfert de pollution, transfert de chaleur), leur application à des problèmes de gestion des ressources en eau des bassins hydro géologiques, et l’impact hydrologique du changement climatique. De nombreuses applications sont concernées : étude des pollutions diffuses des systèmes aquifères, cas des nitrates et des phytosanitaires ; impacts des stockages dans le sous-sol (matières premières, déchets radioactifs, industriels ou ménagers) ; impact sur l’environnement souterrain des activités industrielles, cas particulier des installations minières ; conception et mise en œuvre de dispositifs de mesure in situ appliqués à l’hydrogéologie et à la géothermie ; hydrogéologie des milieux fissurés.
Ses très nombreux travaux d’expertise et d’études concernent les mines, les carrières et les sites de stockage.
Emmanuel Ledoux est chargé du cours d’Hydrogéologie à l’École des Mines de Paris. Il participe à l’enseignement des options « Sciences de la terre et environnement », et « Sols et sous-sols », et aux séminaires en hydrogéologie mathématique à l’École des Mines de Paris. Il contribue aux séminaires et cours de mécanique des fluides en milieu poreux, dans la spécialité géosciences et géomatériaux, et de modélisation en hydrogéologie, dans la spécialité hydrosciences et environnements continentaux (master SDUE de l’Université Pierre et Marie Curie). Il assure le cours d’hydrogéologie à Polytech Paris (Université Pierre et Marie Curie).
Emmanuel Ledoux est l’auteur de plusieurs centaines de publications. Il a reçu de nombreux prix : le prix Dolomieu du BRGM décerné par l’Académie des Sciences (2009) ; le prix Gosselet de la géologie appliquée décerné par la Société géologique de France (2001) ; le prix Henri Milon décerné par la Société Hydrotechnique de France à l’occasion d’un mémoire de thèse sur la « Modélisation conjointe des écoulements de surface et des écoulements souterrains sur un système hydrologique » (1983).
Emmanuel Ledoux a été nommé membre de la CNE2 en 2007, Vice-président en 2010.
Emmanuel Ledoux a été nommé Expert invité de la CNE2 le 20 septembre 2016 et renommé Expert invité le 21 janvier 2020.